党政办公室
纪委(监察专员办)综合室、
纪检监察室
组织部
党校
宣传部
统战部
教师工作部
(人事处、高层次人才工作办公室)
学生工作部、
学生创新创业中心（合署）
武装部
离退休工作办公室(离退休党委)
机关党委
发展规划处
教务处
研究生院
科技处
社会科学处
社会服务处
对外合作与交流处
审计处
计划财务处
国资处(采购与招标办公室)
后勤管理处
基建处
校园管理办公室
工会
团委
图书馆
现代教育技术与信息管理中心
体育教学部
考试中心
科教基地管理中心
南平西芹科教与艺术基地
资产经营管理有限责任公司
分析测试中心
校医院
校友会基金会
农学院
植物保护学院
园艺学院
林学院
生命科学学院
菌草与生态学院(碳中和学院)
动物科学学院
蜂学与生物医药学院
海洋学院
资源与环境学院
食品科学学院
材料工程学院
计算机与信息学院
机电工程学院
交通与土木工程学院
风景园林与艺术学院
马克思主义学院
经济与管理学院
公共管理与法学院
乡村振兴学院
戴尔豪西大学联合学院
(国际学院)
海峡联合研究院（未来技术学院）
安溪校区安溪茶学院
(数字经济学院)
农林生物安全全国重点实验室
国家甘蔗工程技术研究中心
国家菌草工程技术研究中心
农业生态研究所
应用生态研究所
海洋研究院
国家林业局南方集体林权制度改革研究基地
海洋生物科技创新公共服务平台
环境生物电化学中心
MBA教育中心
MPA教育中心
MPAcc教育中心
金山学院